ヘッダ要素は、「ファイルのプロパティ」のような存在です。メタ要素やタイトル要素、外部スタイルシートへのリンク要素 など、重要な要素を含みます。
注意する点は、「ヘッダ情報の多くは空要素である事」、「ヘッダ情報には書くべき順番がある事」です。
ＸＨＴＭＬの場合は、空要素の書き方が少し違うので注意
また書くべき順番として最も大切な事は、 「日本語（倍角文字）が出てくる前に文字コードの指定を済ませておく」事が挙げられます。 つまり、ｔｉｔｌｅ（題名）要素に日本語を指定してある場合、 ｔｉｔｌｅタグよりも前に文字コード指定をしておけばよいという事です。 それ以外の順番はどの順番でも構わないと思います。（重要な情報から書く、など）
ｂａｓｅタグはURIを指定します。この指定によってブラウザはそのファイルの（WEB内での）位置を把握します。 これで絶対指定しとけばファイル内で相対パスが使えます。（してなくても相対パスが間違うことはありません。） かつ、WEBにアップする前のローカルでのデバック（確認作業）でも 相対パス指定のリンクや画像（アップ済みのファイルのみ）を正しく判断する事が出来ます。 ブラウザ側から見れば最も重要な情報と言えるのでは？でも僕は使ってません・・・。 （実はIDによるページ内アンカーが上手く効かないので取ってしまいました。デバックの度に FTPしてる僕はWEB財産を食い荒らしている。）
プログラム文
<base href="http://URI（絶対パス）">
メタ情報はとても大切です。ｎａｍｅやｈｔｔｐ−ｅｑｕｉｖといった属性値と組み合わせて （人の目には触れませんが）機械（PCブラウザや検索エンジン）側の必要としている情報をまとめておく部分です。 これが正しく指定されていないと訪問者（人）に余計な手間をかける事があります。メタ情報は 様々あり、範囲が多岐に渡りすぎるため専用のページを作ってあります。
外部ファイルを参照します（＝リンクをかけて外部ファイルも使えるようにします。）
個人ユースでは、スタイルシート（CSS）を参照する事が多いと思います。
と言うかこれ以外に使った事ありません。個人的な好みですが人のソースを覗いた時に
ズラ〜ッと指定が並んでいていつまでも本題（ｂｏｄｙ）にならないソースは疲れるので、
ヘッダをなるべくすっきりさせるために使っています。複数のファイルを順番に参照できるので
スタイルシート同士を掛け合わせたい時、複数ページで同じデザインにしたい時、
１つのスタイルシートにリンク要素をかければ済むのですっきりします。
相対パス指定を間違えない、複数シートへリンクする時は参照する順番を変えると結果も変わる事がある、
などに気を付けます。（複数シートに同一要素についての指定があった場合は後から参照した方が優先されます。）
注：なおＮＮ４など古いブラウザでは外部スタイルシートが認識されません。
プログラム文
<link rel="stylesheet" media="screen,print" href="URI">
スタイルシートにリンクして、画面（ｓｃｒｅｅｎ）でも印刷（ｐｒｉｎｔ）でもこのスタイルシート使う、 の参照先（ｈｒｅｆ）ファイルはＵＲＩにある、の意味。
詳しくはスタイルシートのページで解説しています。外部スタイルシートの場合、ファイルの拡張子は「 ．ｃｓｓ 」になります。
スクリプトの書き方はＨＴＭＬの範疇を越えるので記述しません。（スクリプトについて書いていたら本が何冊も出来ます） ここでは、外部スクリプトファイルへのリンク方法だけ記すに留めます。
プログラム文
<script type="text/javascript" language="javascript" src="URI"></script>
属性ｔｙｐｅが正しい表記ですがｌａｎｇｕａｇｅしか認識しないブラウザもあるので列記します。
外部ジャバスクリプトファイルの拡張子は「 ．ｊｓ 」になります。
ジャバスクリプトを外部ファイル化すると、古いブラウザでは実行されなくなるので、 誤動作防止や、バグ取りが簡単になる、という利点があります。
ヘッダ情報として一番先に書くべきもの、と決められていますが、これは２バイト文字の事を考慮に入れない
西洋人らしい考え方の上に立っています。
タイトルに日本語を使う場合は文字コード指定のメタ情報を先に書きます（と言うか書かざるをえません。）
タイトルはGoogleなどの検索結果のタイトルになります。 検索エンジンで調べものをしている時にわざわざ英語のタイトルのリンクを選ぶでしょうか？というわけで重要です。
正しく書きたい人は英語（半角）の題名を付けてヘッダの先頭に置きます。
プログラム文
<title>題名</title>
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