職場の共用端末などでよく見かけるのが、HDDへのアクセスが遅いPCです。Officeドキュメントなどを開くときにプログラムは開いてもドキュメントが表示されず、HDDへのアクセスを示すガリガリ音をしばらく聞かされるアレです。ドライブの診断をすると見事に断片化されたファイル群の集まりである場合が多いような気がします。
このような場合は、デフラグをしておけばストレスが減ります。しかし末期症状の場合でフラグを完了できない場合もあります。
Windowsのデフラグはそのドライブ（CドライブならCのみ）の空きスペース（データが書き込まれていないエリア）を利用して、断片化したファイルを一時的に移動させながら整頓し直していきます。このためドライブに十分な余裕がないとデフラグできずに終了する場合や、異常に時間がかかる場合もあります。
共用端末の管理がいい加減だと、作成したファイルのデフォルトの保存場所であるマイドキュメントに雑多なファイルが多数放置され、Cドライブの使用率を無秩序に高くします。
XPでも本来のシステム用には10GB、別途アプリケーションとキャッシュを含めても15GBあれば、通常は大丈夫でしょう。これにデフラグ用スペースの5GB程度を空けておきたいとして合計20GBがCドライブの適正な容量といえるのではないでしょうか。（あまりCに詰め込みすぎるとそれだけでデフラグに要する時間がかかる。全てのアプリケーションを一つのPCで実行することはナンセンス。不経済すぎます。）
ダウンロードプログラムファイルやドライバ、または製作したファイル（製作したファイルを作業したPCに保存しておくということの是非は別途検証するとして）などは、別ドライブにすることで、Cドライブが常に一定の使用率を保つことができます。そうすることでシステム責任者がいわれのない非難、「パソコンが壊れた」など、を受けなくてもすむわけです。
使用方法の周知をある程度徹底できれば、本来不要な呼び出し回数も減ると思われます。
Vistaのシステムドライブは40GB以上を推奨と考えています。ファイルサーバがない環境で300GBのHDDの場合、私は、新規インストールでパーテーションとして、システム用Cを50GB、バックアップ用ドライバ等保存用Dを10GB、ドキュメント用Eを残り約240GBとしました。ファイルサーバのある環境ならそもそも100GBを超えるドライブすら不要と考えますが、40GBはおろか80GB程度のHDDすら探す方が大変なご時世ですから。