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Windowsにはスキャンディスクという機能があります。HDのパーティションごとに”ひっかき傷”を調べ、壊れたシステムファイルをある程度修復することが可能です。
2000,XPのスキャンディスクは、「マイコンピュータ」「X;（X=ドライブ記号）」「プロパティ」の「ツール/エラーチェック」で行います。
「エラーのチェック」は排他的プログラムなので、「開始」選択後いったん再起動します。再起動するとWindowsの起動前に自動的に開始されます。
HDDアクセス中に不正規終了（電源を抜く等）を行うと、自動的にエラーのチェックが行われますが、HDDにアクセスがないアイドリング時に不正規終了を行うとエラーチェックが行われない場合があります。Windowsの起動が不安定、アプリケーションが頻繁に止まるなどの症状がある場合は、強制的に「エラーのチェック」を行うと不具合の拡大を予防する手段になります。
2000,XPと比較するため一応補足で記載します。「全てのプログラム」のショートカットで実行できます。「スタート」「全てのプログラム」「アクセサリ」「システムツール」「スキャンディスク」です。
Windowsのboot用ファイルが書き込まれるMBR（マスター・ブート・レコード）はHDDの中心（もっとも初めにアクセスされる箇所）にあり、Windowsの他にもLinuxなども起動コードをここに書き込みます。
MBRのサイズは限られていて定位置に決まったコードが書かれるので、ここが傷つくとWindowsの起動が不安定になります。不具合があるPCで、起動不良があるのに電源投入を繰り返しWindowsの起動中に落ちることを続けると、MBRの傷が増え、スキャンディスクをしても容量不足で起動コードが書き込めなくなります。この場合、起動ディスクをFDなどで用意しなくてはいけなくなりますが、実際には不便ですからHDDの交換をすることになります。
【余談】常時起動させておくサーバなら、一度起動させればそうそう電源を切らないので面倒は少ないかと思います。また、Linuxは起動FD（1枚でOK！）を使って起動させる「作法」を好む方が多いのでMBRが死んでいても使用可能です。もしHDDの交換をしないなら、これらの方法でパソコン室のファイルサーバへの転用などが考えられます。