国民健康保険には住民の約半数が加入し、加入者の保険料と国と自治体の負担で運営されていますが、合併する１２市町村には下の表のように大きな違いがあります。
新浜松市は、これを５年間かけて統一するとしています。
| 自治体 | 国保料平均 | 加入世帯 | 滞納世帯 | 滞納率 | 一般会計からの繰入れ（法定外） |
| 浜松市 | ８５５４２円 | １０３３６１ | ２１１６７ | ２０．５％ | ４億８４２０万円 |
| 浜北市 | ８５１７０円 | １４０９０ | ２３８６ | １６．９％ | ５６６万円 |
| 天竜市 | ７６３００円 | ４３５９ | ３６３ | ８．３％ | ３８９万円 |
| 舞阪町 | ８７９００円 | ２２２７ | ３１８ | １４．３％ | １２４０万円 |
| 雄踏町 | ９１７５０円 | ２４３０ | ２７３ | １１．２％ | ０円 |
| 細江町 | ７７１１０円 | ３８３２ | ３６２ | ９．４％ | ２５５０万円 |
| 三ヶ日町 | ９１６１５円 | ２８０３ | ２４０ | ８．６％ | ０円 |
| 引佐町 | ７１８２７円 | ２５９１ | ２２０ | ８．５％ | ３００万円 |
| 春野町 | ６０６３２円 | １４２０ | ６９ | ４．９％ | ０円 |
| 佐久間町 | ５２５２１円 | １６０６ | ５７ | ３．５％ | ０円 |
| 水窪町 | ６４４４４円 | ９７８ | ４４ | ４．５％ | ０円 |
| 龍山村 | ５７８３７円 | ３００ | ０ | ０％ | ０円 |
国民健康保険への国の負担は、以前は５０％でしたが、いま３８％と大幅に少なくしてしまいました。そのため、各市町村の国保会計が大変になり、住民が負担する保険料を毎年のように引き上げるようになりました。
日本共産党は、国の負担を元の５０％に戻すよう強く主張しています。
